První osídlení jeskyně se datuje do období před 15 tis. lety. Labyrint vytvořený ponory Křtinského potoka zkoumal již v 19. stol. hrabě Hugo František ze Salmů. Novodobá historie však stopy našich předků pohřbila. Za 1. republiky se zde těžil fosfát. Od r. 1938 zde měla armáda muniční sklad a za 2. světové války tu Němci vybudovali podzemní továrnu na letecké motory. Další rána, budování protiatomového krytu, zasáhla jeskyni v 60. letech. V r. 2006 přešla do správy Moravského krasu a po nároč-ných úpravách byla r. 2007 zpřístupněna veřejnosti.
