Muzeum sídlí ve třech historických budovách na Masarykově náměstí. S pobočkami v Telči, Třešti a hradem Roštejnem je největším muzeem v kraji. Shromažďuje, spravuje, odborně využívá a zpřístupňuje přírodovědné a historické sbírky, hlavně z regionu. Mimo vlastní vědeckovýzkumnou činnost organizuje odborné konference a semináře a zajišťuje služby pro veřejnost v muzejní knihovně. Vedle dlouhodobých expozic pořádá tematické výstavy a další akce, vydává periodické i neperiodické publikace a organizuje odborné konference a semináře.
